前作データでパーツ入手
【方法】
『機甲兵団 J-PHOENIX 序章編』または『機甲兵団 J-PHOENIX』（本編）のセーブデータ（クリアデータでなくてもいい）でゲームを始める。
結果：通常では手に入らないスペシャルパーツが手に入るうえ、前作の資金やパーツを持ち越せる。
なお『序章編』データと『本編』データでは別のパーツが出現するが『序章編』→『本編』とコンバートしたデータを使えば、その両方のスペシャルパーツに加え、さらに追加パーツがもらえる。
7つの隠しマップ出現条件
【方法】
ゲーム中に以下の条件を満たす。
結果：以下の7つの隠しマップが出現する。
●「オマケマップ 第21章 隊長奪還作戦」・・・前作のコンバートデータを使ってゲームをクリアする
●「火山地帯危険区域 Xポイント危険地帯」・・・闇バトル終了後、企画PFのアリスを使うと出現
●「カンドランド周辺警戒区域 長距離輸送護衛任務」・・・総通過率70％以上で出現
●「カンドランド周辺警戒区域 サーリットン戦線」・・・総通過率80％以上で出現
●「火山地帯危険区域 浮遊砲台除去」・・・総通過率90％以上で出現
●「オマケマップ ボーナスポイント」・・・総通過率100％で出現
●「オマケマップ 幻の小隊」・・・オマケマップの「夢のタッグバトル」をすべてクリアすると出現
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