自機デフォルメ
【方法】
①『ゼビウス3D/G』のタイトル画面で、「GAME START」にカーソルを合わせる。
②L1、L2、R1、R2、セレクトを同時に押しながらスタートを押す。
③カーソルが動いてコンフィング画面になる。
④「EXIT」を選んでタイトル画面に戻る。
結果：この状態でプレイすると、自機のソルバルウがデフォルメされている。
黒き太陽
【方法】
①『ゼビウス3D/G』のタイトル画面で、「RESET」にカーソルを合わせる。
②L1、L2、R1、R2、セレクトを同時に押しながらスタートを押す。
③カーソルが動いて「GAME START」が選択される。
結果：自機のソルバルウが黒く表示されてゲームがスタートする。
逆さまソルバルウ
【方法】
①ネジコンを接続して『ゼビウス3D/G』をスタートする。
②プレイ中にネジコンをねじる。
結果：自機のソルバルウが反転する。
平八＆ポール出現
【方法】
①『ゼビウス3D/G』のタイトル画面で、「GAME START」にカーソルを合わせる。
②左（2P側は右）、○、×、を押しながらスタートを押す。
③ゲームスタート後も押し続ける。
結果：1P側の自機が平八に、2P側の自機がポールになる。
平八の移動速度は遅すぎ、ポールの移動速度は速すぎである。
なつかしのキャラ出現
【方法】
①『ゼビウス3D/G』で、エリア1のソルを全部渡す。
②次エリアに赤いソルが現れることがある。
③この赤いソルを壊す。
④次エリアでナムコのなつかしのキャラが現れることがある。
結果：エリア4では人影、エリア5ではブルードラゴン、エリア7ではプーカが現れる。
ボーナスモード
【方法】
『ゼビウス3D/G』をクリアする。（コンティニューしてもよい）
結果：全体のメニュー画面に「BONUS MENU」項目が加わり、BGMとムービーを好きなように見ることができる。
超難易度
【方法】
①『ゼビウスアレンジメント』でゲームを開始する。
②すぐに画面右側に移動してブラスターを撃ち続ける。
③メッセージが出る。
④エリア1に隠された2本のソルを表示させる。（1本目のソルは、海を通り過ぎてから、十字型の砲台ボザログラムが現れたすぐあとの画面の左上付近にある。2本目のソルは、パワーアップアイテムが隠されたガルバーラの真横の茂みの、くぼんだ箇所にある。2本とも、ブラスターのカーソルをマップ上の何もない部分に合わせたときに、カーソルの十字が点滅する箇所に隠されている）
⑤エリア2では、画面左端に移動してブラスターを撃ち続ける。
結果：メッセージが出たら、それ以降のゲームがマニアモード（超難易度）になる。