コマンドで残機が30に増加
【方法】
『真魂斗羅』のタイトル画面で2Pコントローラーを使い、上、上、下、下、L1、R1、L2、R2、L3、R3とすばやく入力する。成功すると効果音が鳴る。
結果：残機数が30に増える。
真のエンディングを見る
【方法】
①ステージ5クリア時に総合ランクをA以上にする。
②ステージ6に進めるので、これもクリア時に総合ランクA以上にする。
③真のボスステージへ進めるので、これをクリアする。
結果：グッドエンディングが見られる。
なお、真のボスステージを総合ランクSでクリアすると、さらに隠しCGを見ることができる。
隠しオプションが追加
【方法】
以下の条件を満たす。
結果：オプションに隠し要素が追加される。条件と追加される項目は以下の通り。
●バットエンドを見る（ステージ5クリア時に総合ランクB以下）・・・データベースとムービーシアターが追加。
●ノーマルエンドを見る（ステージ5クリア時に総合ランクA以上、ステージ6クリア時に総合ランクB以下）・・・ムービーシアターに「帰還」が追加。このエンディングを見るごとに初期クレジットが1増える。（最大20）
●グッドエンディングを見る・・・「イラストギャラリー」が出現、ムービーシアターに「凱旋」が追加。
●オールSランクでクリア・・・ムービーシアターに「魂斗羅VS？」が追加。