タイトル画面の小技
【方法】
タイトル画面で右スティックを動かす。
結果：画面の背景の色や動きが変わる。L2を押せば画面に稲光を走らせることもできる。
またプラント編クリア後はタイトル画面で雷電のビジュアルが交互に出るようになり、タンカー＆プラント編クリア後はタイトルメニュー画面の背景にメタルギアRAYが出てくる。
ドッグタグを集めてアイテム入手
【方法】
ドッグタグを一定の収集率以上まで集める。
結果：2周目以降のプレイで特殊なアイテムが手に入る。
収集率ともらえるアイテム（効果）の関係は以下の通り。
なお、ドッグタグは4つの難易度それぞれで出現するので、収集率を100％にするには全難易度ですべてのドッグタグを集める必要がある。
●タンカー編で30％（46個）・・・無限バンダナ（弾薬が無限に）
●タンカー編で50％（76個）・・・ステルス迷彩（姿が消える）
●プラント編で30％（73個）・・・無限ウィッグ・弾薬（弾薬が無限に）
●プラント編で50％（121個）・・・ステルス迷彩（姿が消える）
●プラント編で70％（170個）・・・無限ウィッグ・握力（グリップゲージが無限に）
●プラント編で90％（218個）・・・無限ウィッグ・02（02ゲージが無限に）
●両編で100％・・・あるURLが表示される
兵士の名前を表示
【方法】
カメラか双眼鏡で敵兵を見ているときに、△を押す。
結果：1度でもドッグタグを入手したことのある敵兵なら、名前が表示される。
クリア後の隠しモード
【方法】
ゲームを一度クリアする。
結果：ボス戦のみを楽しめる「ボスサバイバル」とムービーの鑑賞と編集ができる「キャスティングシアター」モードが追加される。
デモ中にカメラを操作
【方法】
デモが流れているときに、R1や右スティックを動かす。
結果：R1を押すとズーム、右スティックを動かすとカメラの移動ができる。
無線モードの小技
【方法】
無線での通信中に、以下の操作をする。
結果：さまざまな効果が現れる。
●左右のスティックを動かす・・・キャラ映像のカメラが移動
●左右のスティックを押し込む・・・キャラ映像がズームアップ
●R1かR2を押す・・・主人公の心の声が聞ける。R1なら肯定的、R2なら否定的な反応で、ボタンを押す強さで反応の強さも異なる。
スネークと雷電がサングラスをかける
【方法】
ゲームを一度クリアし、2周目以降のプレイをする。
結果：3周目のプレイから、デモや俯瞰画面で主人公がサングラスをかけている。
以降、奇数周目のプレイでサングラス姿が見られる。
メイリンが登場
【方法】
タンカー編で13回セーブする。
結果：メイリンが出てきて、オタコンに説教する。
誕生日のお祝い
【方法】
プラント編のA脚底部でノードにネームエントリーするとき、登録する誕生日をプレイ時の日付（PS2に設定してある日付）と同じにする。
結果：「Happy Birthday」と表示される。
またドッグタグを取った兵士の名前表示でも、その兵士の誕生日がプレイ時の日付と同じだと「Happy Birthday」が出る。
敵兵を海へ落とす
【方法】
タンカー編の甲板で、死体や眠らせた兵士を左舷か右舷の手すりから海に投げ込む。
結果：プラント編後半に登場するウェブサイトの写真の2枚目に、敵兵を海に投げ込むスネークが写っている。
ロッカーでの小技
【方法】
ロッカーなどポスターが貼られている場所で、以下の行動をする。
結果：さまざまな反応が楽しめる。
●ポスターが貼られた扉を開けておく・・・クリアリング時に敵兵の目が釘付けになる
●ポスターの胸を叩く・・・「ぽよん」と弾力のある音がする
●ポスターの股間を叩く・・・警戒音が鳴る
●ポスターの貼られたロッカーに入り、ポスターに向かってR1を押す・・・「ちゅ」と音がなる
●タンカー編の機関室北西と中央にあるポスターを撃つ・・・爆発する
オルガ戦の小技
【方法】
タンカー編のオルガ戦で、以下のような行動をする。
結果：ちょっと変わった反応が楽しめる。
●戦闘中にデジカメでオルガを撮る・・・オルガが怒る
●戦闘終了後にオタコンと交信する・・・オルガの寝顔の感想を言う
●戦闘終了後にM9でさらに攻撃する・・・オタコンに怒られる
人形が反撃
【方法】
タンカー編で機関室に入ると、前作の強敵・レイブンの人形があるので、これを銃で撃つ。
結果：人形が動き出し、BB弾で反撃してくる。
パンツ一丁の海兵隊
【方法】
2周目以降のタンカー編で、第三船倉に行く。
結果：海兵隊が全員パンツ一丁になっている。
海兵隊のドミノ倒し
【方法】
タンカー編の第三船倉で、ステルス迷彩を装備するか全員をM9で眠らせてから、列の最後尾を蹴る。
結果：ドミノ倒しのように海兵隊が倒れていく。
映写機に女性アイドル
【方法】
タンカー編の第二船倉で、プロジェクターの横のスイッチを△で操作する。
結果：△を押すごとに映像が左右に切り替わる。
7回押すとプロジェクターにアイドルの映像が映し出され、そのままゲームオーバーになる。
冷却スプレーの意外な使い道
【方法】
冷却スプレーを以下のように使う。
結果：さまざまな効果がある。
●電灯などに群がる羽虫を落とす。
●寝ている敵兵をすぐに起こす。ドッグタグ集めに便利。
●炎に吹きかけると消化できる。
羽虫の小技
【方法】
タンカー編で、リフレッシュルームの左舷B1に羽虫にたかられている敵兵がいるので、驚かすか倒すかしてレーションを奪う。
結果：羽虫がスネークにたかる。
次のステージに行っても、1匹だけしつこくついてくる。
カモメの小技
【方法】
プラント編で、カモメに関連して以下のような行動をとる。
結果：変わった反応が楽しめる。
●カモメのフンのある場所で走ると転ぶ
●カモメにも攻撃できるが、あまりやると通信で怒られる
●カモメが飛んでいる場所を主観カメラで見上げると、フンが落ちてきて画面につく
●空を飛んでいるカモメを攻撃して敵兵の頭上に落とすと、ダメージを与えられる
●シェル1、シェル2連絡橋のパイプ上を走ると、カモメのフンに滑って墜落死する
●ファットマンがカモメと戯れているときカモメが襟に止まるとファットマンの頭をつついて攻撃する
フナムシの小技
【方法】
プラント編で、フナムシに関連して以下のような行動をとる。
結果：変わった反応が楽しめる。
●フナムシのいるところで2秒以上ほふく前進すると、メニュー画面のレーションにフナムシがつく
●レーションについたフナムシを放置すると、最多で3つのレーションを食べて消える
●フナムシがついたままレーションを使い切ると、フナムシの解説が見られる
●装備品ウインドウを上下に動かすと、付着したフナムシが取れる
●C4爆弾やグレネードでフナムシを攻撃するところを主観カメラで見ると、飛び散る死体が見られる
オウムの小技
【方法】
プラント編で、オウムに関連して以下のような行動をとる。
結果：変わった反応が楽しめる。
●シェル1中央棟B2電算室のオウムを撃ったり冷却スプレーをかけると、敵兵のマネをして危険モードになる
●オウムに指向性マイクを向けて「あんたがエイムズだな？」と言い続けると、オウムがマネをする
雑誌を入手
【方法】
プラント編のシェル1中央棟Ｂ2電算室で、ロッカーをパンチ攻撃で揺らす。
結果：上から雑誌が落ちてきて入手できる。
雑誌は床に置くと、敵兵の目を釘付けにできる。
また、雑誌を装備した状態で男性用トイレの個室から大佐やプリスキンに通信すると面白い会話が聴ける。
スネークが髭をそる
【方法】
①ハード以上の難易度でプラント編を始める。
②最初の部屋の手すりをエルードで右に移動し、シェイバーを入手する。
③Ｂ脚変電室まで行くと、プリスキンにシェイバーを渡せる。
④そのままゲームを進め、アーセナルギアＳ状結腸でスネークと再会する。
結果：デモに出てくるスネークの髭が剃られている。
ダンボール男を発見
【方法】
プラント編のスティルマン登場デモのあと、1分以内にCD連絡橋に行く。
結果：ダンボールをかぶって移動する謎の男がいる。
銃撃すると破片を撒き散らして逃走する。
ダンボール箱に入って移動
【方法】
①プラント編のE脚貨物集配施設で、マップ手前側にある台の上に乗り、ダンボール箱を装備する。
②するとベルトコンベアが止まるので、ダンボールをかぶったままベルトコンベア上に移動する。
結果：ダンボール箱の番号に対応した場所へ移動できる。
どの番号の箱がどこに運ばれるかは、以下の通り。
●BOX1・・・C脚食堂
●BOX2・・・B脚変電室
●BOX3・・・A脚ポンプ室
●BOX4・・・F脚倉庫B1
●BOX5・・・E脚貨物集配施設B1（デジタルカメラを入手可）
スティルマンが怒る
【方法】
プラント編で、C脚食堂貯蔵庫にスティルマンがいるときに、貯蔵庫のドアをノックするか扉の前で△を押すと返事をするので、これを何度も繰り返す。
結果：8回以上やるとスティルマンが怒りだす。
ファットマンを1発で転ばせる
【方法】
プラント編のファットマン戦で、ローラーブレードをソーコムで撃つ。
結果：1発で転倒する。
「下痢のジョニー」が再登場
【方法】
プラント編でソリダスとオセロットの会話を盗み聞きするときに、指向性マイクを左にあるトイレの方向に向ける。
結果：前作に登場したジョニー佐々木の独り言を聞ける。
エマの独り言を盗聴
【方法】
プラント編のL脚下部オイルフェンスで、歩いているエマに指向性マイクを向ける。
結果：独り言や会話を盗み聞きできる。
柱の裏側に回ったときも柱にマイクを向ければ盗聴でき、1本目の柱の裏と2本目の柱の裏では別の内容になる。
スネークの独り言を盗聴
【方法】
プラント編のL脚下部オイルフェンスで、スネークが狙撃ポイントに到着して通信が入ったあと、スネークに指向性マイクを向ける。
結果：スネークの独り言が聴ける。
小便を浴びる
【方法】
プラント編で、潜入モードを維持したままL脚外周を進む。
結果：上から敵兵が小便をしてくる。
小便をかぶってから大佐に無線連絡をすると慰められる。
戦わずして勝つ
【方法】
プラント編のアーセナルギア胃で全裸のまま行動中、敵兵に見つかってクリアリングが始まったら、自分で拷問台に張りつく。
結果：雷電のモノを見た敵兵が、すごすごと帰っていく。
トイレの小技
【方法】
プラント編のC脚食堂トイレで、以下の行動をする。
結果：さまざまな反応が楽しめる。
●エアータオルの前に立つと作動する
●男性小便器の前にしばらく立ってから離れると、水が流れる
●男性用トイレのポスターが貼ってある扉を壊し、その上でほふく前進するとカメラがズームになる
●女性用トイレの個室に入って何度も大佐と通信すると、ローズに怒られる