サウンドテストを聴く
【方法】
タイトル画面でＡボタンとＢボタンを押しながら、スタートボタンを押します。
結果：サウンドテストが使えるようになります。SOUND 0〜39がＢＧＭ、40〜99が効果音とされています。Ａで再生、Ｂで停止、スタートで終了です。
※0〜39と40〜99の区分は、1つのサイトの記述のみに基づいています。
隠しストーリーを見る
【方法】
ストーリー画面の右下にあるサッカーボールのカーソルが、いつもより速く点滅したタイミングで、十字ボタンの下とＢボタンを押します。対象はオープニング、リオカップ決勝、全国高校サッカー選手権の決勝、ワールドユースの西ドイツ戦の4か所です。
結果：通常は見られない場面が表示されます。オープニングでは、翼がブラジルに来た頃の話が語られます。リオカップと高校選手権の優勝後には、マイティボンジャックが祝ってくれます。西ドイツ戦に勝つと、シュナイダーが当時のテクモのホットラインの電話番号を教えてくれます。
※場面ごとの内容は、1つのサイトの記述のみに基づいています。電話番号は現在使われていません。
ストーリー画面をスキップする
【方法】
試合の前に流れるストーリー画面でセレクトボタンを押します。
結果：ストーリーを飛ばせます。
※1つのサイトの記述のみに基づいています。
キックオフ前に放置すると実況が独り言を始める
【方法】
ミーティングでキックオフを選んだあと、審判が腕時計を見る場面で何も操作せずに待ちます。
結果：実況のチャーリーが寝たり、歌ったり、独り言を話したりします。話している間は専用のＢＧＭが流れ、大会ごとにセリフが変わるとされています。この小ネタは前作から引き継がれたものです。
若林くんが光り輝く
【方法】
ワールドユースの西ドイツ戦で、試合前のミーティングの「じょうほう」を選びます。若林くんが情報を話す場面で、Ａ・Ｂ・スタート・セレクトの4つのボタンを同時に押します。
結果：若林くんが輝き始めます。
※1つ目のサイトでは「Ａ＋スタート」を押すと若林くんが真っ黒になって背景が光ると書かれていて、押すボタンと見た目の説明が食い違っています。どちらが正しいかは確認できていません。
三杉くんの顔色が青くなる
【方法】
三杉くんのガッツが少ない状態で、敵をドリブルで抜こうとします。
結果：三杉くんの顔グラフィックが青くなります。
※ガッツの目安は、100以下とする記述と、200未満とする記述があり、一致していません。
翼が「ドライブタイガー」を使えるようになる
【方法】
全日本Jr.ユースを操作しているときに、翼の必殺シュートがキーパーに止められる状況を作ります。
結果：翼のカットインとセリフが入り、しばらくの間ドライブタイガーが使えるようになります。
※条件の説明が2つのサイトで食い違っています。1つ目では、翼と日向がレベル15以上で出場し、1試合のうちに必殺シュートが止められたあとの5分間だけ使えて、消費ガッツは200とされています。2つ目では、翼の必殺シュートが3回外れると、8分の1の確率で使えるようになるとされています。
ゴールデンコンビで反対側のゴールラインへワープする
【方法】
相手側のゴールライン上でゴールデンコンビを使います。
結果：反対側のゴールラインへワープします。時間稼ぎに使えるとされていて、シュートにガッツを使いたい翼より、岬くんで使う方法が紹介されています。
※1つのサイトの記述のみに基づいています。
ドリブルを繰り返して敵に捕まらない
【方法】
ボールを持っているときに、一歩進むたびにコマンド画面を出して、ドリブルを選びます。これを続けます。
結果：敵に捕まらずに進めると紹介されています。手間はかかるものの、非常に強力な方法です。
※1つのサイトの記述のみに基づいています。
パスワードで途中から始める
【方法】
タイトル画面で「CONTINUE」を選び、次のパスワードを入力します。
ワールドユースのアジア予選、全日本ユース対イラン戦：たかはしよういちのま／つばさよりつよくなりたい
リオカップのサンパウロ対フルミネンセ戦：つばさとみさきごうるおうばえしゆうと
結果：それぞれの場面から試合を始められます。
※1つのサイトの記述のみに基づいています。
※ほかにも言葉遊びのようなパスワードが紹介されていますが、ここでは載せていません。レベルや能力は、画像でしか示されていなかったため確認できていません。
知っておきたい補足
●コマンド入力で出す隠し要素は、サウンドテストと隠しストーリーが中心です。そのほかは、仕様の隙や演出に関する小ネタです。
●得点は255点が上限で、超えると0点に戻るという記述が見つかりました（1つのサイトのみ）。
●ワールドユース予選リーグのフランス戦以降は、ゴールやドリブル突破で得られる経験値が極端に少なくなり、フランス戦からオランダ戦までは行動経験値が0になるという記述があります（1つのサイトのみ。バグとして紹介されています）。
●「○○くん ふっとばされた！」という定番のセリフは、本作が初出とされています（1つのサイトのみ）。
コラム：スコアメモの短縮と音楽の話
この作品の開発者本人による証言は見つけられませんでした。そこで、ゲームの仕様や音楽について、プレイ記や解説に書かれていることを紹介します。
前作では32文字だったスコアメモ（パスワード）は、本作で18文字に短縮されたとされています。またバッテリーバックアップ方式ではないため、電池交換が必要ないという記述もあります。
前作のパスは味方の足元にしか出せませんでしたが、本作では好きな場所に出せるようになりました。ストーリーは原作にはないオリジナルで、リオカップ、高校選手権、ジャパンカップ、ワールドユースと進みます。
音楽では、重要な試合で相手がボールを持つと、その試合専用の曲が流れます。ブラジルとの最終戦のミーティングでは、曲が特別なものに変わるそうです。ＢＧＭは山岸継司さんらが担当したと紹介されています。