D値チェックでエクストラエリアへ
【方法】
①ゲームを一度クリアする。
②2周目以降に、各地のダンジョンにある「D-RATIOチェック」の扉を調べる。
結果：D値が扉ごとに設定された基準値以上なら扉が開き、エクストラエリアに入れる。
エクストラエリアへの扉のあるエリアと、扉を開けるのに必要なD値は以下の通り。
●廃物遺棄抗4F・・・D値1/4096以上
●廃物遺棄抗5F・・・D値1/2048以上
●公社ラボ1F・・・D値1/4096以上
●第一工業区2F西側・・・D値1/1024以上
●ライフライン下層・・・D値1/4096以上、D値1/512以上（2つあり）
●ライフライン上層東側・・・D値1/512以上
●ライフライン最下層・・・D値1/256以上
SOLイベントでエクストラエリアへ
【方法】
①ゲームを一度クリアする。
②2周目以降のプレイで、トリニティピットに到着してメベトとの会話イベントが終わったあと、すぐにリンに話しかける。
結果：SOLイベント（2周目限定イベント）が発生し、トリニティピット北西の扉からエクストラエリア「放棄商業区」に入れる。
隠しダンジョン「ココン・ホレ」
【方法】
共同体作りでひたすら穴を掘り、最深部に到着する。
結果：隠しダンジョン「ココン・ホレ」が出現する。
地下50階、全フロアデンジャールームという大ダンジョンだ。
検定屋からアイテムをもらう
【方法】
検定屋から出される9種類の課題をクリアする。
結果：それぞれの課題につき、1つずつ貴重なアイテムがもらえる。
検定で出されるチャレンジの内容と、入手できるアイテムは以下の通り。
●戦闘時の逃走を9回連続で成功させる・・・リンのスキル「こっちにきな！」
●9連続コンボを決める・・・リンのスキル「アフタマート＋9」
●グミ系のディクを9匹倒す・・・30000ゼニー
●戦闘でノーダメージクリアを9回連続で達成する・・・リュウのスキル「みねうち」
●邪光系のディクを9匹倒す・・・1000パーティ経験値
●1ターン以内での勝利を9回連続で達成する・・・リンのスキル「なんてね」
●頭が3つあるディクを9匹倒す・・・ニーナのスーツ「エンジェルコート+5」
●1人で999以上のコンボダメージを与える・・・リュウのウエポン「セルティス+5」
●ロボ系のディクを9匹倒す・・・リュウのシールド「チョバムプレート」