水中にもぐって陸の下をくぐり抜ける
【方法】
斜めに降下して陸の下の水中へ入り、沈みすぎないように羽ばたきで調整する。陸の下に入ったら、進みたい方向の十字キーとBボタン（連続羽ばたき）を押し続ける。
結果：陸の下を進んで画面の端に消え、反対側から現れてさらに陸の下を進み、最後は水面から飛び出して脱出できる。
成功の目安は、陸の裏側にぶつかる「ゴン」という音が3回ほど聞こえることです。ぶつかる様子は画面ではわかりにくいので、音を頼りにしてください。深く沈んでしまうとミスになります。
バルーントリップでも試せますが、魚に襲われやすいので危険です。2人対戦で相手の意表をつくのにも使えそうです。
※水に落ちるとすぐやられると思われがちですが、「少しなら水中にもぐれる」とだけ紹介する資料もあります。落ち方や水面に入る速さによって、できるかどうかが変わるようです。
バルーントリップで風船を20個連続で割る
【方法】
バルーントリップで、風船を1つも取り逃さずに20個続けて割る。
結果：画面が一瞬止まってファンファーレが鳴り、風船の色が変わってボーナスが入る。
※ボーナスの得点は資料によって異なります。説明書では、風船の色が緑（300点）、橙（500点）、赤（700点）と変わっていくと説明されています。一方、ある紹介記事では、このときに1万点が入ると書かれています。
バルーントリップのシャボン玉で、スクロールと雷を止める
【方法】
バルーントリップで、出てきたシャボン玉を割る。
結果：しばらくの間、強制スクロールと雷の動きが止まる。
シャボン玉を割っても、得点は入りません。危ない場面を切り抜けるための休憩だと考えるとよいでしょう。
ステージの開始直後に、敵をまとめて倒す
【方法】
ステージが始まったら、すぐに敵のいる場所へ向かって体当たりする。
結果：敵がまだ風船を膨らませている最中で、飛び立つ前に何羽かまとめて倒せることがある。
敵が飛び立ってしまうと苦戦しやすいので、慣れたら開始直後の動きを決めておくと楽になります。
水面すれすれを飛んで、魚をやり過ごす
【方法】
魚のいる湖の上を、水面にぎりぎり近い高さで飛ぶ。
結果：魚が水面の下を往復している途中なら、飛び出してこないことがある。
魚は湖の水面下を左右に往復しています。魚に飲み込まれるとミスになり、得点もシャボン玉も出ません。雷は敵には何の影響も与えないため、敵を雷にぶつけて倒すことはできません。
2人プレイで、仲間の風船を割って得点を稼ぐ
【方法】
2人プレイで、相手の鳥に上から体当たりして風船を割る。
結果：相手の風船が割れ、割った側に1000点が入る。
協力して敵を倒すゲームのはずが、いつの間にか対戦になってしまうのがこのゲームのお約束です。※この1000点の情報は1つの資料にしか載っておらず、他では確認できませんでした。
知っておきたい補足
●3DSバーチャルコンソール版の説明書には、隠しコマンドのような裏技の記載はありません。上の技の多くは、遊んだ人たちが見つけたものです。
●風船で飛ぶ動きには強い慣性があります。十字キーを押し続けると加速しすぎて止まれず、障害物や敵に当たると跳ね返されます。
●敵は桃、緑、赤の3種類で、桃の敵は倒し方によって500点、750点、1000点が入ります。
●ステージ7から「グルグル」が出てきます。雷は床や地面で跳ね返ります。
●バルーントリップは、数分間ミスなく進むと雷が動き出します。
●アーケード版の『VS.バルーンファイト』は、フィールドが上下2画面分の広さがあります。ゲームボーイ版の『バルーンキッド』には、ファミコン版のバルーントリップのBGMをアレンジした曲が使われています。
コラム：『ジャウスト』になりそこねた、風船の鳥
『バルーンファイト』の元になったのは、アメリカのウィリアムス社が1982年に出したアーケードゲーム『ジャウスト』です。ダチョウに乗った騎士の戦いを日本向けに「風船をつけた鳥」へと置き換えて親しみやすい世界観にしたといわれています。
一説によると、ファミコン向けの『ジャウスト』の移植版はHAL研究所が先に完成させていたものの、権利関係がまとまらずお蔵入りになり、そのシステムをアレンジして生まれたのが本作だとされています。『ジャウスト』のファミコン版は、その後に許諾が下り1987年10月30日にHAL研究所から発売されました。ただし、この経緯は未確認の情報として紹介されています。
1人用のモード「バルーントリップ」は、アーケード版の『VS.バルーンファイト』にはなくファミコン版で加わったものです。開発の終盤に岩田聡さんが短期間で作って組み込み、BGMは田中宏和さんが作曲したとされています。
また、アーケード版のプログラマーだった中郷俊彦さんは、ファミコン版の出来のよさに驚いて岩田さんを訪ね、ノウハウを教わったという話があります。そのノウハウは、のちの『スーパーマリオブラザーズ』に生かされたとされています。本作の浮遊感が『スーパーマリオ』の水中ステージにつながったという逸話も伝わっていますが、いずれも1つの資料にしか載っていません。