11ゾーンで自爆して52ゾーンへワープする
【方法】
11ゾーンの特定の場所で、自分が投げたボンの爆風にわざと当たる。
結果：ミスになる代わりに52ゾーンへワープする。
爆風に当たる場所が決まっていて、ほかの場所で当たると、ふつうにミスになります。また、自爆するとアイテムの「電球」の効果が消えるといわれています。
「自爆するとワープする」場所は、ほかにも見つかっているようですが、場所や行き先を確実に確認できたのは、この1か所だけでした。
69ゾーンのピラミッドの下で「下」を連打して86ゾーンへ
【方法】
69ゾーンで、いちばん大きなピラミッドの下に立ち、十字キーの下を50回ほど押す。
結果：86ゾーンへワープする。
ゾーン内の隠し扉ではなく、ボタンの連打で扉が開く、珍しいワープです。回数の数え間違いには気をつけてください。
20ゾーンの「NAGOYA」で裏ファイナルゾーンへ
【方法】
20ゾーンに並ぶ3体のモアイを、ボンで、7回・5回・8回の順に爆破する。
結果：隠された「裏ファイナルゾーン」へワープする。そこにあるザヴィーラの像の下を通ると、400万点が入る。
アイテムの「2」（得点が2倍になる）を持っていると、800万点になるとされています。
20ゾーンに表示される「NAGOYA」は、ゲームの発売当時のキャンペーンで使われた合言葉です。このキーワードをはがきで応募した人の中から抽選で、パッケージの絵が入ったタオルがもらえたといわれています。
13ゾーンの行き止まりから44ゾーンへワープする
【方法】
13ゾーンの、いちばん最初の行き止まり（下段）にある隠し扉を開ける。
結果：44ゾーンへ飛べる。
このほかに、56ゾーンから62ゾーンへ行く隠し扉などが紹介されていますが、位置の説明が簡単なため、ここでは省きました。
99ゾーンをクリアして6ゾーンへ戻る
【方法】
99ゾーンで右へ歩いて現れる新しい扉に入る。
結果：6ゾーンへ戻る。
戻ったあとも、進行状況は消えません。ゾーンをたどる順番は自由なので、一度行ったルートの組み合わせを変えて遊べます。
マイクに叫んで、敵の動きを止める
【方法】
「ボイス」のマークのアイテムを取ったあと、2コンのマイクに向かって大きな声を出す。
結果：画面内の敵が一時的に止まる。
最終ゾーンの炎には効かない、と紹介されています。このアイテムは44ゾーンにあるとされますが、1つのサイトのみの情報です。
Nintendo Switch Onlineでも、別売りのファミリーコンピュータ コントローラーを使うと、同じことができるとされています。
得点2倍の「2」と、時計の場所
【方法】
66ゾーンまたは75ゾーンで「2」のアイテムを、52ゾーンで「時計」のアイテムを探す。
結果：「2」を取ると得点が2倍になり、「時計」を取ると制限時間の減り方が遅くなる。
この場所は、1つのサイトにしか載っていない情報です。ほかに、無敵になる「★」が10・54・88ゾーンにあると紹介されていますが、確認できたのはこの1つの資料のみです。
知っておきたい補足
●42ゾーンは「BLACK HOLE！」と表示される、有名なゾーンです。真っ暗な画面で永遠に落ち続け、ミスになっても同じ状態に戻る場合があり、ほぼゲームオーバーになります。複数のゾーンから入れるスタート地点の空中の扉は42ゾーンにつながっていることが多いといわれています。
●57ゾーンと94ゾーンは、背景が強く点滅するといわれています。画面の点滅が苦手な方は気をつけてください。
●ゲームが始まったときの残り人数は7で各ゾーンの制限時間は999から減っていく、と紹介されています（1つの資料のみ）。
●隠しコマンドでステージセレクトや無敵、無限ストックのモードが使えるとされています。ただし、入力方法は確認できませんでした。
●エンディングは、最終ゾーンでザヴィーラを倒さずに、行方不明の師匠を見つけると見られる、と紹介されています。エンディング後もゲームは続きます。
コラム：「あのスーパーマリオを超えた」と言われた作品
『アトランチスの謎』は、サン電子（現在のサンソフト）から、1986年4月17日に発売されました。当時の宣伝では「あのスーパーマリオを超えた」といううたい文句が使われたそうです。
主人公ウィンの見た目は同じ会社のゲーム『いっき』のキャラクター「ゴンベ」と同じ絵が使われた、という指摘があります。ふたつの作品に関係があるのかは、2013年の時点でも、ファンの間で話題になっていると紹介されています。(続編といわれる小説で明らかにされたという噂)
海外では、ポニカの『スーパーピットフォール』の続編として『Super Pitfall II』の名前で出す計画があったものの発売されなかったそうです。
2013年には、ウィンがふたたびアトランチスへ向かう小説『アトランチスの謎 復活のザヴィーラ』が出版されました。
その後、バーチャルコンソールでも配信され、Wii版が2008年12月2日、3DS版が2013年10月2日、Wii U版が2015年4月22日です。テレビ番組「ゲームセンターCX」で有野課長が挑戦したことでも知られています。