2周目の隠しステージ
【方法】
2周目以降、特定のステージにあるポイントを通過する。
結果：隠しステージに入ることができる。隠しステージ出現条件は以下の通り。
●風洞施設・・・渓谷の左側の突き当りにある壁を、ベクターキャノンで破壊する
●溶鉱炉・・・風洞施設で出現した敵をすべて倒すと溶鉱炉に移動できる
●貨物庫・・・アーマーンへの資材搬入路後半で、ソニックジェネレーターに入る通路の下側の赤線が消えて通れるようになる。ただし、自機がNAKED JEHUTYの場合は行くことができない
ゾラディウスをプレイできる
【方法】
サブウエポンありで2周目をスタートし、ビッグバイパーを出現させる。
その後マップ右上にあるトンネルの左上付近にある岩を破壊し、EXミッションファイルを入手する。
結果：ゲームクリア後に、3Dシューティングゲーム「ゾラディウス」がプレイできるようになる。
なお、EXファイルを入手するときは、サブウエポンのウィスプを使ってファイルをロックすること。
コナミコマンドで最強状態に
【方法】
ゾラディウスをプレイ中にポーズをかけ、「上、上、下、下、左、右、左、右、L1、R1」と入力する。
結果：ポーズを解除すると、最強状態にパワーアップした自機でプレイできる。