3つのデータドレインを新たに修得できる
【方法】
データドレインを一定回数以上使う。
結果：以下の新たなデータドレインを覚えることができる。
●ドレインアーク・・・複数の敵を同時にドレインできる
●2128ドレイン・・・レアアイテムの入手確率が増加する
●ドレインハート・・・複数の敵に対して2128ドレインをかけられる
フラッグレースに挑戦
【方法】
ゲーム中のすべてのサーバーに出現する3種類のプチグソをすべて成獣にする。
結果：そのサーバーごとのフラッグレースに参加できるようになる。
隠しワードエリア「Ω病める 囚われの 堕天使」
【方法】
ゲーム同梱OVAの映像に表示される、「病める 囚われの 堕天使」のワードをΩサーバーのカオスゲートで入力。
結果：隠しエリアに入れるようになる。
ただし、Σサーバーの「Σたおやかな 誘惑の 堕天使」を一度プレイしておかないと、Ωサーバーで「堕天使」のワードは出現しない。
隠しワードエリア「Ω輪廻する 神出鬼没の 叙情詩人」
【方法】
①前作『Vol.3』までのゴブリンイベントをすべてクリアしておく。
②BBSの「新・鬼さんこちら」を読んで、「神出鬼没の」というワードを入手する。
③このワードをΩサーバーのカオスゲートで入力する。
結果：隠しエリアに入れるようになる。
TVアニメ関連の武器を入手
【方法】
①ゲーム中に以下の条件を満たす。
結果：以下のTVアニメ版のキャラクターの名前がついた特殊な武器を入手できる。
●ミミルの重槍・・・BBSの「久しぶり」を読む
●ベアの剣・・・Σサーバーで「舌を出す 偽りの 悲劇」と入力
●楚良の双剣・・・BBSの「ファントム」を読む
●BTの呪杖、銀漢の剣、司の呪杖・・・『.hack// 悪性変異 Vol.2』の「Δ隠されし 禁断の 聖域」で4人のアニメ版キャラクターに会っているセーブデータがある状態でプレイし、ルートダウン、Δ、Θ、Λ、Σで出現するアニメ版キャラクターと会話する。
パロディモードでプレイ
【方法】
①ゲーム本編を一度クリアしたあと、タイトル画面の「PARODY」を選んでゲームを始める。
結果：キャラクターの会話がギャグ調に変化した、パロディモードで遊ぶことができる。
このパロディモードでは、主人公のレベルが90の状態でスタートできる。
